Q. 본인은 토지와 건물을 매수자에게 일괄로 양도할 예정입니다. 양 당사자는 토지와 건물의 가액을 합쳐서 50억 정도로 생각하고 있으며, 기준시가로 안분한 금액은 토지 35억, 건물 15억입니다. 매수자는 매수 후 기존 건물을 철거하고 토지만 사용할 예정이어서 2022년 2월 15일 개정된 부가가치세법 시행령(이하 부가령) 제64조 제2항 제2호에 따라 건물의 가액을 "0원", 토지의 가액을 "50억"으로 하는 계약서의 작성을 요청하고 있습니다.

이렇게 매수자의 요청에 따라 토지와 건물가액을 구분하여 계약서를 작성한다면, 기준시가로 안분한 금액과 30% 이상 차이가 있으므로 소득세법 제100조 제3항에서 규정하는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 보는 것이 맞는지 궁금합니다. 만일 그렇다면 소득세법 시행령 제166조 제6항에서 부가령 제64조에 따라 안분계산한 금액으로 기재하는 것으로 규정되어 있는데, 그렇다면 개인인 매도자는 양도소득세 신고시에는 부가령 제64조 제1항에 따라 토지 35억, 건물 15억으로 기재하여야 하는지 아니면, 부가령 제64조 제2항에 따라 토지 50억, 건물 0원으로 기재하여도 괜찮은 것인지 궁금합니다.

A. 귀 상담의 경우, 소득세법 제100조 제2항에 따라 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있는 경우에는 가액구분이 불분명한 때로 보는 것으로 판단됩니다. 또한 부가가치세법상 사업자가 구분한 실지거래가액을 인정받고자 하는 것이므로 사실관계처럼 작성하고, 양도소득세 신고 시에 기준시가 등으로 안분한 가액을 양도가액으로 신고하는 것으로 판단됩니다.